赔偿费用，从各级财政列支。行政机关是代表国家进行管理活动，所以行政机关的各种经费都是由国家拨付的，赔偿费用自然也应当由国家拨付。如果法律不对赔偿费用的来源作出明确规定，行政机关对赔偿费用难于支付，赔偿就不易实现，受害人的合法权益也就不能得到有效保障，所以行政诉讼法对赔偿费用的来源作了专门规定。
50行政诉讼法还规定，各级人民政府可以责令有责任的行政机关支付部分或者全部费用。这就是说，赔偿费用由国家财政支出之后，各级人民政府可以要求对造成损害有责任的行政机关由其行政经费中支付部分或者全部费用。