根据《土地管理法》第七十三条的规定，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，采取下列处罚措施处理：一是要求限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。二是对相关违法人员并处罚款。三是对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。