在公诉案件中随着诉讼的不同阶段，证明责任与举证责任的承担有所不同。在立案侦查阶段，控告人（被害人等）负有向公安机关就有关刑事案件发生的情况举证的责任，公安机关则负有查清案件事实的证明责任。公安机关在侦查过程中如果发现犯罪嫌疑人不应被追究刑事责任的，应当撤销案件，证明责任完成。公安机关侦查终结，将案件移送检察机关审查起诉时，则负有举证责任，必须向人民检察院提供确实、充分的证据。否则，将承担再次证明的责任。人民检察院对公诉案件进行审查的过程也是履行证明责任的过程，可以要求公安机关举证，也可以自行侦查（证明）。人民检察院对案件审查后，作出不起诉决定的，证明责任完成，作出提起公诉决定的，则必须由公诉人代表检察院作为控诉方在审判中提出犯罪事实清楚充分、确实的证据。也就是公诉人负举证责任。为保障无罪的人不受刑事追究，刑事诉讼法规定公、检、法机关不仅有证明犯罪嫌疑人、被告人有罪、罪重的责任，也有证明犯罪嫌疑人、被告人无罪或罪轻的责任。对于犯罪嫌疑人、被告人的辩解和其提供的线索，也有责任予以查清。