期货透支交易纠纷主要有：

开仓透支交易纠纷是指期货交易所会员或期货公司客户在保证金不足时进行期货交易而产生的纠纷。

持仓透支交易纠纷是指期货交易所会员或期货公司客户在保证金不足或没有到位时利用期货公司或期货交易所的自有资金或其管理的资金维持现有头寸而产生的纠纷。